상원사 창건연대는 뚜렷하지 못하나 세조가 이절에 거동하였다는 기록이 신증동국여지승람에 기록되어 있으며 고려시대 성찰로서 조선시대까지 존속되었던 것으로 추정된다.
1398년에 조안화상이 중창하였으며 세조8년(1463)에는 왕이 직접 거동하였고 곧이어 중창불사를 행하였므며 효령대군의 원찰이 되었다.
순종 원년(1907) 왜병이 이지역에 집결해있던 의병을 소탕하기 위해 불을 질러 법당만 남겨놓고 모두 타 버렸는데 1918년에 주지 최화송화상과 화주차상원이 큰방을 복원하였다. 이어 1934년에 주지 최경언이 증수하였으나 1950년 6.25사변시 모두 불타버렸다. 1969년이 되어서야 주지 덕송이 초막삼칸을 짓고 복원에 착수했으며 1970년에는 주지 경한니가 취임하여 요사와 삼성각 대웅전 용화전을 차례로 복원하였다.
